Es el archivo fundamental del notario, y al que la ley le encomienda la custodia. El protocolo se conforma con todos aquellos documentos que adquieren la calidad de documento público por habérsele impuesto la fe pública según el procedimiento legal correspondiente dependiendo el acto o negocio jurídico. De suerte que existe a partir de la ley y la costumbre, una forma de almacenar y custodiar todos estos documentos. Esa forma de organización se dirige a ordenar los documentos públicos por tomos consecutivos según el año, el acto, y el notario que funge como fedatario público. Todos los tomos se organizan según el servicio notarial, de manera que existen principalmente aquellos referidos a la escrituración pública, registros civiles de nacimiento, matrimonio y defunción, y su vez antecedentes de registro civil, actas de comparecencia, actas de conciliación, declaraciones extrajudiciales, entre otros.

El protocolo de la notaría se encuentra regulado por los artículos 106, 107, 108, 109, 113, 114 y 115 del Decreto Ley 960 de fecha 20 de junio del año 1970 y artículos 53 y 54 del Decreto Reglamentario 2148 de fecha 1 de agosto del año 1983.